Eugeniusz Kwiatkowski urodził się 30 grudnia 1888 r. w Krakowie. W czasie studiów na Politechnice Lwowskiej związał się z ruchem zarzewiackim. Po studiach został wicedyrektorem gazowni w Lublinie. W 1916 r. wstąpił do Legionów. W mundurze - później także Wojska Polskiego - pozostawał do 1920 r. Zamieszkał w Warszawie, podejmując pracę w Politechnice Warszawskiej na stanowisku docenta. Wydał wówczas pracę naukową poświęconą "Zagadnieniu przemysłu chemicznego na tle wielkiej wojny", a  następnie mianowano Go dyrektorem technicznym Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Chorzowie. Trzy lata bliskiej współpracy z Ignacym Mościckim zaważyły w sposób decydujący na dalszych losach Kwiatkowskiego. Gdy po przewrocie majowym Mościcki został prezydentem, Kwiatkowski z jego rekomendacji objął 8.06.1926 r. tekę ministra przemysłu i handlu. Gdy w końcu 1930 r. odchodził z rządu, nazwisko jego, nierozerwalnie związane z budową Gdyni, sukcesem Powszechnej Wystawy Krajowej w Poznaniu, znane było w całym Kraju.
Nastawiony całkowicie na pracę publiczną, prowadząc niezwykle skromny i rodzinny tryb życia, umiał wyzbywać się przyjemności i odsuwać od siebie wszystko, co w jakikolwiek sposób mogłoby osłabić jego zdolności do codziennej, kilkunastogodzinnej pracy. Współpracownicy cenili jego wielką skromność na każdym zajmowanym stanowisku. Następne lata poświęcił pracy na stanowisku dyrektora Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Mościcach. Opublikował również kolejną książkę "Dysproporcje. Rzecz o Polsce przeszłej i obecnej'. Do wielkiej polityki powrócił Kwiatkowski w 1935 r. jako wicepremier i minister skarbu. Był twórcą i realizatorem koncepcji Centralnego Okręgu Przemysłowego, inicjatorem państwowego planowania gospodarczego, animatorem dalszej rozbudowy Gdyni. Czas wojny spędził internowany wraz z rządem w Rumunii. W 1945 r. powrócił do kraju i jako pełnomocnik rządu z właściwą sobie energią przystąpił do odbudowy Wybrzeża. Po dwóch latach odwołano Go z tej funkcji. Nie ukończył jeszcze sześćdziesiątego roku życia, gdy został przymusowym emerytem. Przez pewien czas wykładał jeszcze w Szkole Nauk Politycznych Uniwersytetu Jagiellońskiego, ale i to mu wkrótce uniemożliwiono. Zmarł 22 sierpnia 1974 roku w Krakowie. Został pochowany na Cmentarzu Rakowickim. Mszę pogrzebową odprawiał kardynał Karol Wojtyła (papież Jan Paweł II), który podczas ceremonii pogrzebowej powiedział "Logika tego życia wymaga, aby modlitwa za Jego duszę popłynęła z Wawelskiej Katedry".
W dniu 13 czerwca 1997 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej nadał Mu pośmiertnie Order Orła Białego.